Im Januar 1997 wurde Eckhard Beyer zum Professor an der Technischen Universität Dresden berufen und ist dort Inhaber des Lehrstuhls für Laser- und Oberflächentechnik. Parallel dazu übernahm er die Leitung des Fraunhofer-Instituts für Werkstoff- und Strahltechnik IWS, das anwendungsorientierte Forschung auf dem Gebiet der Laser- und Oberflächentechnologie betreibt. Ein Hauptaugenmerk liegt dabei auf der Entwicklung von sogenannten Hybridprozessen, die durch die Kombination von bewährten Laserverfahren mit alternativen Verfahren entstehen und maßgeschneiderte Problemlösungen für den Kunden bieten. Seit 2003 hat Eckhard Beyer die Position des Direktors des Institutes für Oberflächen- und Fertigungstechnik an der TU Dresden inne. Weiterhin bekleidete er von November 2009 bis 2012 das Amt des Dekans der Fakultät Maschinenwesen der Technischen Universität Dresden. Nach seinem Abschluss als Ingenieur war Eckhard Beyer einige Jahre in der Industrie tätig. Anschließend absolvierte er ein Physikstudium an der Technischen Hochschule Darmstadt und promovierte dort zum Doktor-Ingenieur Physik. Danach arbeitete er am Fraunhofer-Institut für Lasertechnik ILT in Aachen als Hauptabteilungsleiter Laser-anwendungen, später amtierte er als stellvertretender sowie kommissarischer Institutsleiter. Gleichzeitig erhielt er an der RWTH Aachen einen Lehrauftrag und habilitierte dort 1995.